A 40 GB-os merevlemezzel szerelt PS3 több ponton is eltér a dupla ekkora kapacitással rendelkező nagytestvértől.
Október 10-étől Európában is megkezdődik a 40 GB-os PlayStation 3 forgalmazása: az árcédulán szereplő 399 eurós vételár mintegy 20 %-kal alacsonyabb annál az összegnél, mint amit a 60 GB-os verzióért kell a kasszánál hagynunk. Az viszont rossz hír, hogy nemcsak a merevlemez kapacitása az, amiben kevesebbet nyújt az alapmodell a 60 vagy a 80 GB-os verziónál.
A többi modellen található 4 darab USB 2.0 porttal szemben ezen csak kettő található, a CompactFlash, Secure Digital és Memory Stick kártyákat kezelő olvasót a 20 GB-os verzióhoz hasonlóan lespórolták, ráadásul a PS2-es játékokhoz visszafelé kompatibilitást biztosító hardvert is eltávolították. Kontrollerből is csupán a rezgőmotor nélküli SIXAXIS-t kapjuk, a Dual Shock 3 valószínűleg csak a másik két verzió kiváltsága lesz.
